1860年春，英、法组成联军，出动船舰200余艘，士兵25000余名，由额尔金、葛罗率领，相继攻陷大连湾、烟台，列舰示威于大沽口外，随后占据北塘，攻占大沽、天津。
当英法联军得知清军主力部署在圆明园一带时，便尾随而来。清廷随即派出人员与之和谈，奈何英法提出的条件极为苛刻，和谈最终破裂。随后英法联军北犯通州，进攻张家湾、八里桥，于10月攻入安定门，控制了北京城。
额尔金以清政府“不讲道义，不顾国际法”，将捕获的英法“侨民”18人虐待致死为借口，照会清政府必须接受赔偿抚恤金及在天津建碑等要求，并于1860年10月18日下令火烧圆明园。其目的是要给清政府留下一个“不易泯灭”的印象，企图通过焚毁这座皇帝最喜爱的园林，来折辱清廷，达到其所谓的“责罚”效果，以显示联军的“胜利”并杜绝日后可能的争辩和疑问。
这就是圆明园的第一劫，火劫，经过焚烧的圆明园，绝大多数建筑被烧毁，珍贵的花草树木也遭遇严重损害。但圆明园的中国园林部分并未完全成为废墟，一些建在水中的建筑如方壶胜景、蓬岛瑶台等保存得还算完整，山形水系也并未被破坏。据同治十二年清廷调查，圆明园尚存13处景观。
其后圆明园又遭遇木劫，当时清廷驻守西郊的散兵游勇和地痞流氓们大量砍伐古树，甚至将其烧成木炭出售，同时洗劫残余的陈设，拆毁幸存的建筑物，圆明园的古树自此破坏殆尽，但山形水系仍未遭到破坏。
再后圆明园又迎来了石劫，清王朝覆灭后，军阀、官僚、政客趁机对圆明园的石料巧取豪夺，民间也有人肆意取用。比如，军阀王怀庆用圆明园的石料修建自己的达园，张作霖的陵墓也使用了不少圆明园的石料，燕京大学的翟牧师还私拆走了一对圆明园的华表，如今仍矗立在北京大学西门内。这种情况一直持续了多年。
最后圆明园还经历了土劫，1917 年后，一些农民开始进入圆明园，山形水系开始遭到破坏。新中国成立后，进入圆明园的农民越来越多，破坏愈发严重。为了种水稻，他们挖山填湖；为了建房屋，他们挖山取土；为了养猪羊，他们挖山垫圈。到 1980 年统计时，圆明园里共有 7 个生产队，农业人口达 2000 多人，住户有 270 多家。至此，圆明园的山形水系被严重破坏，曾经的万园之园变得面目全非。